益生菌及酵素雖然都與腸胃道保健有關，但各自的功能仍有一些差異。益生菌可包含乳酸菌、乳酸桿菌、比菲德氏菌等，其主要功能在於抑制壞菌生長、改善腸胃道的菌叢平衡。不過每個菌株菌種的用途並不相同，除了腸胃保健之外，還有能改善過敏、提升免疫力等多種類型，挑選相關產品時務必要仔細確認包裝上的說明。
另一方面，酵素可大致為「消化酵素」及「蔬果發酵液」，前者常會含有蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶等成分，其原理與人體所分泌的唾液、膽汁、胰蛋白酶相似，食用後能把食物分解得更小以更好消化，適合吃太多消化不良、飯後常感到脹氣、或因腹脹而食慾不振的族群參考。至於「蔬果發酵液」就是所謂的「酵素飲」（或稱酵素液、生酵素），它是由水果或蔬菜經發酵後製成，飲用後會促使腸道蠕動進而幫助排便。